En l'àrea de patrimoni natural el Consorci té l'objectiu de recuperar espais naturals i paratges emblemàtics de les ribes fluvials per convertir l'eix fluvial en un corredor ecològic. En aquest sentit es porten a terme diversos projectes per conservar i gestionar les espècies de fauna i flora del riu Ter, així com preservar i millorar els seus hàbitats, especialment els boscos de ribera, els espais fluvials i les zones humides. Es porten a terme diferents línies d'actuació.

Des d'aquesta àrea s'ofereix als ens consorciats:

• Suport tècnic.
• Coordinació i establiment de criteris que han de regir les actuacions de millora i manteniment de les ribes del Ter i Freser.
• Recerca de fonts de finançament que permetin conservar i millorar l'ecosistema fluvial.
• Recepció de propostes, projectes, iniciatives i idees dels ens consorciats en relació al patrimoni natural.